scikit-image 0.18.3 (2021-08-24)#
我們很高興宣布發布 scikit-image v0.18.3!
scikit-image 是一個用於 SciPy 的影像處理工具箱,包含用於分割、幾何變換、色彩空間操作、分析、濾波、形態學、特徵偵測等等的演算法。
這是一個小的錯誤修復版本,用於與 Pooch 1.5 和 SciPy 1.7 的兼容性。
錯誤修復#
僅從 Pooch 的公共 API 匯入。這解決了 Pooch 1.5.0 的匯入失敗問題。(#5531,#5529 的反向移植)
當使用多重網格求解器時,不要在
random_walker
中使用已棄用的scipy.linalg.pinv2
。 (#5531,#5437 的反向移植)
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Gregory Lee Juan Nunez-Iglesias Mark Harfouche
scikit-image 0.18.2 (2021-06-10)#
我們很高興宣布發布 scikit-image v0.18.2!
scikit-image 是一個用於 SciPy 的影像處理工具箱,包含用於分割、幾何變換、色彩空間操作、分析、濾波、形態學、特徵偵測等等的演算法。
此版本主要用於為 aarch64 架構新增 wheels;它也修復了一些小錯誤。
如需更多資訊、範例和文件,請造訪我們的網站
https://scikit-image.dev.org.tw
錯誤修復#
允許截斷的 JPG 產生 SyntaxError 或 OSError (#5315, #5334)
修復 sphinx:角色已註冊的問題 (#5319, #5335)
開發過程#
更新 pyproject.toml 以確保 pypy 兼容性和 aarch 兼容性 (#5326, #5328)
建置 aarch64 wheels (#5197, #5210)
查看最新的 Ubuntu 映像是否修復了 QEMU CPU 偵測問題 (#5227, #5233)
將
master
在各處重新命名為main
(#5243, #5295)修復 INSTALL_FROM_SDIST 的測試 (#5283, #5296)
移除 before_install 中不必要的套件手動安裝 (#5298)
針對 python 3.9+ 使用 manylinux2010 (#5303, #5310)
在 aarch 上針對 cpython 3.8 新增 numpy 版本規格 (#5374, #5375)
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scikit-image 0.18.1 (2020-12-23)#
這是一個錯誤修復版本,包含以下兩個錯誤修復
修復大型(>2GB)陣列中標記的索引錯誤 (#5143, #5151)
僅將 retry_if_failed 與最近的 pooch 一起使用 (#5148)
請參閱下方 0.18.0 中的新功能和 API 變更。
scikit-image 0.18.0 (2020-12-15)#
我們很高興宣布發布 scikit-image v0.18.0!
scikit-image 是一個用於 SciPy 的影像處理工具箱,包含用於分割、幾何變換、色彩空間操作、分析、濾波、形態學、特徵偵測等等的演算法。
根據 NEP-29 Python 和 Numpy 版本支援社群標準,此版本的 scikit-image 停止支援 Python 3.6:執行此版本需要 Python 3.7 或更新版本。
如需更多資訊、範例和文件,請造訪我們的網站
https://scikit-image.dev.org.tw
新功能#
新增迭代 Lucas-Kanade (iLK) 光流方法 (#4161)
在區域屬性中新增 Feret 直徑 (#4379, #4820)
新增計算尤拉數和 Crofton 周長估計的函數 (#4380)
新增計算 Hausdorff 距離的函數 (#4382)
為
skimage.filters.rank
中的許多濾波器新增 3D 支援。已將可訓練像素分割的實驗性實作新增至
skimage.future
,目標是與 scikit-learn API 兼容。試試看! (#4739)新增一個新函數
segmentation.expand_labels
以擴張標籤,同時防止重疊 (#4795)現在可以將額外的測量函數傳遞給
measure.regionprops
和regionprops_table
(#4810)新增滾動球演算法以進行背景減除 (#4851)
在
data
子套件中新增了新的範例影像:data.eagle
(#4922)、data.human_mitosis
(#4939)、data.cells3d
(#4951) 和data.vortex
(#5041)。另請注意,由於版權問題,data.camera
的影像已變更 (#4913)。skimage.feature.structure_tensor
現在支援將 3D(和 nD)影像作為輸入 (#5002)許多閾值方法現在可以接收預先計算的直方圖作為輸入,如果在同一影像上嘗試多種方法,或使用快速直方圖方法,則可以顯著加快速度。 (#5006)
measure.regionprops
現在支援多通道強度影像 (#5037)
文件#
為 flood fill 教學新增一個範例 (#4619)
marching cubes 和 find_contours 的文件字串增強功能 (#4641)
已在圖庫中新增一個展示細胞生物學範例的新教學 (#4648)。特別感謝 Pierre Poulain 和 Fred Bernard(巴黎大學和 Jacques Monod 研究所)對此範例進行的科學審查!
使用註釋和參考來改進註冊旋轉範例 (#4723)
為
transform.AffineTransform
中 "scale" 參數的新純量類型支援新增 versionadded (#4733)關於視覺化 3D 資料的新教學 (#4850)
新增 3D 自適應直方圖均衡 (AHE) 的範例 (#4658)
自動格式化文件字串以提高一致性 (#4849)
改進了
rgb2lab
(#4839) 和marching_cubes
(#4846) 的文件字串改進了
measure.marching_cubes
的文件字串,其中提到如何使用 mayavi 縮減網格 (#4846)記錄如何貢獻圖庫範例。 (#4857)
修復並改進熵範例 (#4904)
擴展開發人員文件的基準測試章節 (#4905)
改進了
util.random_noise
的文件字串 (#5001)改進了
morphology.h_maxima
和morphology.h_minima
的文件字串 (#4929)。改進了
util.img_as_int
的文件字串 (#4888)。一個新的範例展示了如何使用 PyData 堆疊 (pandas, seaborn) 互動式探索 regionprops 結果,網址為 <https://scikit-image.dev.org.tw/docs/dev/auto_examples/segmentation/plot_regionprops.html>`_ (#5010)。
已新增文件以說明如何下載未隨 scikit-image 安裝的範例資料集 (#4984)。同樣,貢獻者指南已更新,其中提到如何在 gitlab 儲存庫中託管新的資料集 (#4892)。
已擴展開發人員文件的基準測試章節 (#4905)。
在範例頁面中新增了指向 image.sc 論壇的連結 (#5094, #5096)
將遺失的資料集新增至圖庫範例 (#5116, #5118)
在 __all__ 中新增 farid 濾波器,以填寫文件 (#5128, #5129)
校對 rank 濾波器的圖庫範例。 (#5126, #5136)
改進#
對 SLIC (#4683)、ORB (#4684, #4697)、BRIEF (#4685)、
pyramid_gaussian
(#4696) 和 Richardson-Lucy 解旋積 (#4880) 提供 float32 支援在
skimage.restoration.richardson_lucy
中,當輸入影像是單精度時,現在以單精度進行計算。使用單精度資料時,這可以大幅提高效能。Richardson-Lucy 解旋積現在有一個
filter_epsilon
關鍵字引數,以避免除以非常小的數字 (#4823)在
measure.find_contours
中新增預設的 level 參數 (max-min) / 2 (#4862)針對使用者提供遮罩的情況,改進了 SLIC 超像素演算法 (
skimage.segmentation.slice
) 的效能 (#4903)。經由遮罩 SLIC 產生的特定超像素將與先前版本產生的不完全相同。透過使用查詢表 (LUT),加速了針對
uint8
影像的exposure.adjust_gamma
運算 (#4966)。透過使用
scipy.ndimage
針對布林輸入影像的實作,加速了measure.label
運算 (#4945)。util.apply_parallel
現在可處理多通道資料 (#4927)。skimage.feature.peak_local_max
現在支援任何 Minkowski 距離。我們現在使用稀疏互相關來加速局部閾值函數的運算 (#4912)
morphology.convex_hull_image
現在透過依序檢查凸包不等式,使用更少的記憶體 (#5020)多邊形柵格化更加精確,不再可能排除輸入頂點。 (#5029)
新增資料可選需求,以允許 pip install scikit-image[data] (#5105, #5111)
在 MSVC 中支援 OpenMP (#4924, #5111)
重新標準化多影像檔案的處理方式 (#2815, #5132)
跨 SciPy 版本的一致縮放邊界行為 (#5131, #5133)
API 變更#
當輸入為單精度時,
skimage.restoration.richardson_lucy
會回傳單精度輸出。在此版本之前,總是使用雙精度。 (#4880)skimage.feature.corner
中的threshold_rel
預設值已從 0.1 變更為 None,這對應於讓skimage.feature.peak_local_max
決定預設值。目前這等同於threshold_rel=0
。在
measure.label
中,已移除已棄用的neighbors
參數。 (#4942)由於版權問題,
data.camera
回傳的影像已變更 (#4913)。
錯誤修正#
修正了當輸入影像具有 np.uint8 dtype 時
label2rgb
中的錯誤 (#4661)修正了
skimage.color.separate_stains
的不正確實作 (#4725)在
peak_local_max
中進行了許多錯誤修正 (#2592, #4756, #4760, #5047)修正了當輸入標籤具有負值時
random_walker
中的錯誤 (#4771)現在 Richardson-Lucy 反褶積在 >2D 情況下的 PSF 翻轉是正確的 (#4823)
修正了 clip 值為 1.0 時的 equalize_adapthist (CLAHE) (#4828)
針對 RANSAC 演算法,改進了所有資料點皆為離群值的情況,先前會引發錯誤 (#4844)
修正了當
bg_color
參數的值為字串時,label2rgb
中導致錯誤的錯誤 (#4840)修正了
metrics.variation_of_information
中的正規化錯誤 (#4875)由於未將隧道納入考量,
skimage.measure.regionprops
的歐拉特性屬性對於 3D 物件是錯誤的。基於積分幾何的新實作修正了此錯誤 (#4380)。在
skimage.morphology.selem.rectangle
中,height
引數控制寬度,而width
引數控制高度。它們已替換為nrow
和ncol
。 (#4906)skimage.segmentation.flood_fill
和skimage.segmentation.flood
現在一致地處理seed_point
的負值。修正了
segmentation.flood
中的分段錯誤 (#4948, #4972)修正了在 0-d 輸入情況下
draw.polygon
中的分段錯誤 (#4943)。在
registration.phase_cross_correlation
中,當在計算中發現 NaN 時(由於輸入影像中的 NaN),會引發ValueError
。在修正之前,如果輸入影像具有 NaN,則可能會回傳不正確的值 (#4886)。修正了邊緣濾波器不遵守填充模式的問題 (#4907)
將 v{} 用於帶有 pooch 的版本標籤 (#5104, #5110)
修正了 XCode 12 中的編譯錯誤 (#5107, #5111)
棄用#
已棄用
skimage.feature.peak_local_max
中的indices
引數。將始終回傳索引。 (#4752)在
skimage.feature.structure_tensor
中,已引入order
引數,該引數在 0.20 版本中將預設為 'rc'。 (#4841)已棄用
skimage.feature.structure_tensor_eigvals
,並將在 0.20 版本中移除。請改用skimage.feature.structure_tensor_eigenvalues
。已棄用
skimage.viewer
子套件和skivi
腳本,並將在 0.20 版本中移除。對於互動式視覺化,我們建議使用專用工具,例如 napari 或 plotly。以類似的方式,已棄用skimage.io
的qt
和skivi
外掛程式,並將在 0.20 版本中移除。 (#4941, #4954)在
skimage.morphology.selem.rectangle
中,已棄用width
和height
引數。請改用nrow
和ncol
。已從下列文檔字串的範例中移除明確設定
threshold_rel=0
:skimage.feature.BRIEF
、skimage.feature.corner_harris
、skimage.feature.corner_shi_tomasi
、skimage.feature.corner_foerstner
、skimage.feature.corner_fast
、skimage.feature.corner_subpix
、skimage.feature.corner_peaks
、skimage.feature.corner_orientations
和skimage.feature._detect_octave
。在
skimage.restoration._denoise
中,已移除有關rescale_sigma=None
的警告。在
skimage.restoration._cycle_spin
中,已移除# doctest: +SKIP
。
開發流程#
修正 #3327:新增基準覆蓋率功能 (#3329)
改進了發佈流程注意事項。 (#4228)
已將
pyproject.toml
新增至 sdist。使用 GitHub Actions 建置並部署 dev/master 文件 (#4852)
網站現在會自行部署 (#4870)
在 circle ci 上建置文件並連結成品 (#4881)
基準現在可以在較舊的 scikit-image 提交上執行 (#4891)
使用 plausible.io 追蹤網站分析,並可在 https://127.0.0.1/scikit-image.org 上視覺化 (#4893)
現在可以在每個提取請求中找到文件建置的成品 (#4881)。
由於
myst
,文件來源檔案現在除了 ReST 之外,也可以用 Markdown 撰寫 (#4863)。更新 Python 3.9 的 trove 分類器和測試 + 修正 pytest 設定 (#5052)
修正 Python 3.8 的 Azure Pipelines、pytest 設定和 trove 分類器 (#5054)
已將我們的測試從 Travis 移至 GitHub Actions (#5074)
我們現在使用 cibuildwheel 在主要儲存庫的 GitHub Actions 上建置我們的 wheels。非常感謝 matplotlib 和 scikit-learn 開發人員為我們鋪路! (#5080)
停用 Travis-CI 建置 (#5099, #5111)
改進 CircleCI 建置:無並行處理和快取) (#5097, #5119)
其他提取請求#
管理 iradon 輸入和輸出資料類型 (#4298)
隨機遊走:當給定 tol 的機率超出 [0,1] 時,顯示警告 (#4631)
MAINT:移除未使用的 cython 檔案 (#4633)
忘記舊版資料目錄 (#4662)
設定 longdesc markdown 並切換至 0.18dev (#4663)
可選的 pooch 相依性 (#4666)
在 doc/examples/segmentation/plot_ncut 上將新的預設值新增至函數 (#4676)
重新引入 convert 並帶有強烈的棄用警告 (#4681)
在發行說明中,更好地描述 skimage 與生態系統的關係 (#4689)
執行 0.18 的一些待辦事項 (#4690)
執行 0.17 的待辦事項! (#4691)
抑制圖庫範例中的警告 (#4692)
0.17.2 的發行說明 (#4702)
修正提及已棄用引數的圖庫範例 (#4706)
指定在設定階段開啟之檔案的編碼 (#4713)
移除重複的融合類型定義 (#4724)
將 cython 版本 0.29.18 列入黑名單 (#4730)
修正與將 np.floating 轉換為 dtype 相關的 CI 失敗 (#4731)
修正與陣列參差不齊輸入 numpy 棄用相關的 Ci 失敗 (#4735)
在解析來源連結之前解除裝飾器 (sphinx.ext.linkcode) (#4740)
修正 j 不變去雜訊教學中的繪圖錯誤 (#4744)
使用 HTML 文件「來源」連結強調所有來源程式碼行 (sphinx.ext.linkcode) (#4746)
將提取請求範本中的核取方塊轉換為項目符號 (#4747)
棄用 peak_local_max 中的 (min_distance < 1) 和 (footprint.size < 2) (#4753)
禁止 dask 2.17.0 以修正 CI (#4758)
嘗試修正因 pyqt5 最新版本而損壞的 ci (#4788)
移除 j 不變文件中的未使用變數 (#4792)
在 manifest.in 中包含所有 md 檔案 (#4793)
移除額外的「::」以使 plot 指示詞正常運作。 (#4798)
使用 optipng 壓縮我們圖庫中的影像/縮圖 (#4800)
修正 blob.py 中的執行階段警告 (#4803)
新增針對 sphinx-gallery>=0.9.0 的 TODO 任務,以移除強制縮圖大小 (#4804)
變更 SSIM 程式碼範例以使用真正的 MSE (#4807)
讓生物醫學範例使用 Pooch 載入影像資料。 (#4809)
調整 threshold_otsu 錯誤檢查 - 關閉 #4811 (#4812)
確保 Cython 秩濾波器的斷言訊息具有資訊性 (#4815)
簡化 equivalent_diameter 函式 (#4819)
DOC: 更新子套件描述 (#4825)
style: 堆疊陣列時明確表示 (#4826)
MAINT: 從 collections.abc 匯入 Iterable (Python 3.9 相容性) (#4834)
關閉測試套件中的數個警告 (#4837)
關閉測試套件中的一些 RuntimeWarning (#4838)
正確處理顏色字串映射 (#4840)
DOC: 自動格式化
io.*.py
中的 docstrings (#4845)由於 CVE-2020-10379 及相關問題,更新 pillow 的最低要求 (#4861)
DOC: 初步嘗試格式轉換,rst -> myst (#4863)
修正註解中的錯字 (#4867)
安裝指南 PR #4750 的替代措辭 (#4871)
DOC: 釐清 marching cubes 返回的唯一頂點的條件 (#4872)
移除貢獻者指南中未維護的 wiki 頁面連結 (#4873)
新的 matomo 設定 (#4879)
修正 skimage.util.img_as_int 錯誤的文件說明問題 (#4888)
為了正確的文件渲染所做的微小編輯 (#4897)
變更日誌回溯 (#4898)
phase_cross_correlation 中的小重構 (#4901)
修正 draw.circle/disk 的棄用訊息,修正 #4884 (#4908)
為 measure.find_contours() 中的新 opt 參數新增 versionchanged 標籤 (#4909)
宣告建置相依性 (#4920)
用不帶種族意涵的詞語替換 (#4921)
修正用於處理多通道資料的函數的 apply_parallel 問題 (#4927)
改善 h_maxima 和 h_minima 函數的描述 (#4928) (#4929)
CI:跳過 PYTHONOPTIMIZE=2 的文件建置 (#4930)
MAINT: 移除 skimage/morphology/_max_tree.pyx 中的自訂融合類型 (#4931)
MAINT: 移除 numpydoc 選項,問題已在 numpydoc 1.0 中修正 (#4932)
修改開發版本字串以允許與 NumpyVersion 一起使用 (#4947)
CI:新增詳細選項,以避免 OSX 安裝腳本的 travis 超時 (#4956)
修正 CI:禁止 sphinx-gallery 0.8.0 (#4960)
data.chelsea 的別名:data.cat() (#4962)
修正錯字。 (#4963)
CI:使用改進的 Travis 等待時間,以避免 OSX 建置的超時 (#4965)
「輪廓尋找」範例中的小增強功能:移除未使用的變數 n (#4967)
MAINT: 移除未使用的匯入 (#4968)
MAINT: 移除 networkx 的條件式匯入 (#4970)
禁止最新版本的 pyqt (#4973)
移除 feature、restoration 上的警告/明確設定 (#4974)
label 和 regionprops_label 的 docstring 改善 (#4983)
嘗試修正 circleci 的超時問題 (#4986)
改善歐拉數範例 (#4989)
[網站] 標準化文件索引頁面。 (#4990)
校對 INSTALL 檔案。 (#4991)
捕捉 INSTALL 檔案中剩餘的錯字。 (#4992)
讓 tifffile.imread 處理額外的關鍵字引數 (#4997)
更新 random_noise 函數的 docstring (#5001)
更新 sklearn 和 numpy 的 sphinx 映射 (#5003)
更新 docstring slic superpixels (#5014)
調整 numpy 版本以匹配 scipy (大致上) (#5016)
修正 numpy 舊版本使用 numpy.pad 的問題 (#5017)
[MRG] 將文件更新為新的 data.camera() (#5018)
為了文件而提升 plotly 的需求 (#5021)
修正以過少角度呼叫 hough_line_peaks 時的 IndexError (#5024)
最新 numpy 版本提升後的程式碼簡化 (#5027)
修正 CODE_OF_CONDUCT.md 的損壞連結 (#5030)
指定核心開發人員是否應在第二次批准審查後立即合併。 (#5040)
更新 pytest 設定以包含
test_
函數 (#5044)MAINT 為 pyodide 修正建置問題 (#5059)
減少 OSX 建置時間,使 Travis 正常運作 (#5067)
DOC: 在 prewitt_h、prewitt_v 中記錄標準化核心 (#5076)
對 CI 進行一些小調整 (#5079)
從 util.arraycrop 移除 numpy 私有函數的使用 (#5081)
peak_local_max:從範例中移除已棄用的
indices
引數 (#5082)將 np.bool、np.float 和 np.int 替換為 bool、float 和 int (#5103, #5108)
變更 plausible 腳本以追蹤外連連結 (#5115, #5123)
移除 Python 3.6 支援 (#5117, #5125)
最佳化 ensure_spacing (#5062, #5135)
此版本新增 52 位作者 [依名字或登入名稱字母排序]#
衷心感謝所有為此版本做出貢獻的貢獻者。部分貢獻者是首次為開源專案做出貢獻,而更多的是首次為 scikit-image 做出貢獻。對於維護者而言,歡迎新的貢獻者是一種很棒的感覺,而 scikit-image 貢獻者的多樣性無疑是這個套件的一大優勢。
Abhishek Arya
Abhishek Patil
Alexandre de Siqueira
Ben Nathanson
Cameron Blocker
Chris Roat
Christoph Gohlke
Clement Ng
Corey Harris
David McMahon
David Mellert
Devi Sandeep
Egor Panfilov
Emmanuelle Gouillart
François Boulogne
Genevieve Buckley
Gregory R. Lee
Harry Kwon
iofall (cedarfall)
Jan Funke
Juan Nunez-Iglesias
Julian Gilbey
Julien Jerphanion
kalpana
kolibril13 (kolibril13)
Kushaan Gupta
Lars Grüter
Marianne Corvellec
Mark Harfouche
Marvin Albert
Matthias Bussonnier
Max Frei
Nathan
neeraj3029 (neeraj3029)
Nick
notmatthancock (matt)
OGordon100 (OGordon100)
Owen Solberg
Riadh Fezzani
Robert Haase
Roman Yurchak
Ronak Sharma
Ross Barnowski
Ruby Werman
ryanlu41 (ryanlu41)
Sebastian Wallkötter
Shyam Saladi
Stefan van der Walt
Terence Honles
Volker Hilsenstein
Wendy Mak
Yogendra Sharma
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Abhishek Patil
Alexandre de Siqueira
Ben Nathanson
Chris Roat
Clement Ng
Corey Harris
Cris Luengo
David Mellert
Egor Panfilov
Emmanuelle Gouillart
François Boulogne
Gregory R. Lee
Harry Kwon
Jan Funke
Juan Nunez-Iglesias
Julien Jerphanion
kalpana
Kushaan Gupta
Lars Grüter
Marianne Corvellec
Mark Harfouche
Marvin Albert
neeraj3029
Nick
OGordon100
Riadh Fezzani
Robert Haase
Ross Barnowski
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Scott Trinkle
Sebastian Wallkötter
Stanley_Wang
Stefan van der Walt
Steven Brown
Stuart Mumford
Terence Honles
Volker Hilsenstein
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