scikit-image 0.16.2 (2019-10-22)#

我們很高興宣布 scikit-image v0.16.2 的發布！

scikit-image 是一個用於 SciPy 的影像處理工具箱，其中包含用於分割、幾何轉換、色彩空間操作、分析、濾波、形態學、特徵檢測等的演算法。

這是一個錯誤修正版本，解決了 0.16.1 中的幾個重大問題。

錯誤修正#

  • 遷移到 networkx 2.x (#4236, #4237)

  • 將必要的 numpy 和 dask 同步到執行時版本 (#4233, #4239)

  • 修正 structural_similarity 中的錯誤參數解析 (#4246, #4247)

  • 修正在更改為 rc 坐標後的 active contour 範例 (#4257, #4262)

此版本新增了 4 位作者 [按名字或登入名首字母排序]#

  • François Boulogne

  • Jarrod Millman

  • Mark Harfouche

  • Ondrej Pesek

此版本新增了 6 位審閱者 [按名字或登入名首字母排序]#

  • Alexandre de Siqueira

  • Egor Panfilov

  • François Boulogne

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Mark Harfouche

  • Nelle Varoquaux

scikit-image 0.16.1 (2019-10-11)#

我們很高興宣布 scikit-image v0.16.1 的發布！

scikit-image 是一個用於 SciPy 的影像處理工具箱，其中包含用於分割、幾何轉換、色彩空間操作、分析、濾波、形態學、特徵檢測等的演算法。

如需更多資訊、範例和文件，請造訪我們的網站

https://scikit-image.dev.org.tw

從此版本開始，scikit-image 將遵循最近導入的 NumPy 棄用策略，NEP 29 <https://github.com/numpy/numpy/blob/master/doc/neps/nep-0029-deprecation_policy.rst>__。因此，scikit-image 0.16 放棄對 Python 3.5 的支援。此版本的 scikit-image 官方支援 Python 3.6 和 3.7。

特別感謝 Matthias Bussonnier 的 Frappuccino，它幫助我們捕獲所有 API 變更並確定新功能的 API。

新功能#

改進#

API 變更#

錯誤修復#

  • 修正 ORB.detect_and_extract 中 scales 屬性的錯誤 (#2835)。scales 屬性未將遮罩納入考量，因此使用了不正確的陣列大小。

  • 修正反向拉東轉換（skimage.transform.irandon）中的偏差 (#3067)。透過使用參考文獻中描述的空間域中的斜坡濾波器方程式修正。

  • 修正導致旋轉影像與輸入影像大小不同的捨入問題 (skimage.transform.rotate) (#3173)

  • RANSAC 使用原始資料的隨機子集，而不是引導樣本。 (#3901, #3915)

  • Canny 現在產生相同的輸出，無論 dtype 為何 (#3919)

  • 幾何轉換：避免除以零及一些退化情況 (#3926)

  • 修正 denoise_bilateral 和 denoise_tv_bregman 中的 float32 支援 (#3936)

  • 修正 Meijering 濾波器的計算並避免 ZeroDivisionError (#3957)

  • 修正 skimage.filters.threshold_li 以防止停留在靜止點，因此停留在局部最小值或最大值 (#3966)

  • 編輯 skimage.exposure.rescale_intensity，在所有值為 0 時回傳輸入影像，而不是 NaN (#4015)

  • 修正 skimage.morphology.medial_axis。Cython 中的錯誤縮排導致函式行為不如預期。 (#4060)

  • 透過更正高斯濾波器中的填充來修正 skimage.restoration.denoise_bilateral(#4080)

  • 修正當輸入影像包含 NaN 時的 skimage.measure.find_contours。包含 NaN 的輪廓將保持開啟 (#4150)

  • 修正 3D 影像和異向性資料的 skimage.feature.blob_log 和 skimage.feature.blob_dog (#4162)

  • 修正 skimage.exposure.adjust_gamma、skimage.exposure.adjust_log 和 skimage.exposure.adjust_sigmoid，使其在提供 1x1 ndarray 時，回傳 1x1 ndarray，而不是單一數值浮點數 (#4169)

棄用#

  • 已棄用 skimage.measure.convex_hull_object 中的參數 neighbors，改用 connectivity，並將在 0.18.0 版中移除。

  • 下列函式已棄用，改用 skimage.metrics 模組 (#4025)

    • skimage.measure.compare_mse

    • skimage.measure.compare_nrmse

    • skimage.measure.compare_psnr

    • skimage.measure.compare_ssim

  • 函式 skimage.color.guess_spatial_dimensions 已棄用，將在 0.18 版中移除 (#4031)

  • 已棄用 skimage.segmentation.active_contour 中的參數 bc。

  • 函式 skimage.data.load 已棄用，將在 0.18 版中移除 (#4061)

  • 函式 skimage.transform.match_histogram 已棄用，改用 skimage.exposure.match_histogram (#4107)

  • 已棄用 skimage.morphology.convex_hull_object 的參數 neighbors。

  • skimage.transform.randon_tranform 函式在 0.18 版中預設會將整數類型的輸入影像轉換為浮點數。若要保留目前行為，請將新的引數 preserve_range 設定為 True。 (#4131)

文件改進#

  • DOC：改進 transform.resize 關於 anti_aliasing_sigma 參數的文件 (#3911)

  • 修正組織染色反褶積參考的 URL (#3862)

  • 修正 denoise gaussian 的文件 (#3869)

  • DOC：各種增強功能（交叉連結、圖庫、參考…），主要用於邊角偵測 (#3996)

  • [DOC] 澄清 inertia_tensor 在文件中可能是 nD (#4013)

  • [DOC] 如何測試和編寫基準 (#4016)

  • 拼字檢查 @CONTRIBUTING.txt (#4008)

  • 拼字檢查 @doc/examples/segmentation/plot_watershed.py (#4009)

  • 拼字檢查 @doc/examples/segmentation/plot_thresholding.py (#4010)

  • 拼字檢查 @skimage/morphology/binary.py (#4011)

  • 拼字檢查 @skimage/morphology/extrema.py (#4012)

  • 更新 downscale_local_mean 和 N 維影像的文件 (#4079)

  • 從 0.15 發行說明中移除花俏的語言 (#3827)

  • 文件格式/編譯修正 (#3838)

  • 移除 INSTALL.txt 中重複的章節。 (#3876)

  • ENH：ridge 函式的文件 (#3933)

  • 修正 Threshold Niblack 的文件字串 (#3917)

  • 為 circle_perimeter_aa 新增文件 (#4155)

  • 更新貢獻指南中 NumPy 文件字串標準的連結（取代 #4191）(#4192)

  • DOC：改進 downscale_local_mean() 文件字串 (#4180)

  • DOC：加強 ransac 圖庫範例中的結果顯示 (#4109)

  • 圖庫：使用 f 字串以提高可讀性 (#4110)

  • MNT：在貢獻指南中記錄 stacklevel 參數 (#4066)

  • 修正小錯字 (#3988)

  • MIN：canny 函式中的文件字串改進 (#3920)

  • #4150 的小文件字串修正 (#4184)

  • 修正 compare_ssim 中的 full 參數說明 (#3860)

  • 在 Niblack 文件字串中說明 Bradley 閾值的等效性 (#3891)

  • 為範例程式碼新增 plt.show()，以保持一致性。 (#3908)

  • CC0 不等同於公有領域。修正馬匹影像的註解 (#3931)

  • 更新 tutorial_parallelization.rst 中的 joblib 連結 (#3943)

  • 修正 plot_edge_filter.py 參考 (#3946)

  • 為 PaintTool 的文件字串新增遺失的引數 (#3970)

  • 改進方向濾波器的文件和測試 (#3956)

  • 為 skimage.filters.threshold_li 的內部運作新增詳細範例 (#3966)

  • matplotlib：在我們的範例中移除 interpolation=nearest, none (#4002)

  • 修正 filters.rank.entropy 和 filters.rank.shannon_entropy 文件字串中維基百科參考的 URL 編碼 (#4007)

  • 修正範例中的整數除法 (#4032)

  • 更新安裝指南的連結 (#4118)

  • 圖庫霍夫線轉換 (#4124)

  • 函式文件之間的交叉連結現在應已大幅改進！(#4188)

  • 更詳細地說明 skimage.feature.corner_peaks 的 num_peaks (#4195)

其他提取請求#

  • 為 exposure 模組新增基準套件 (#3312)

  • 從 skimage.util.img_as_ 中移除精確度和符號損失警告 (#3575)

  • 提出 SKIP 並新增使命/願景/價值觀、治理 (#3585)

  • 如果可用，則使用使用者安裝的 tifffile (#3650)

  • 簡化基準釘選 (#3711)

  • 為 PyPI 和其他服務新增專案 URL 到設定 (#3834)

  • 處理 0.16 發行版的棄用 (#3841)

  • 後續 0.16 的棄用 (#3851)

  • 在 Azure 中建置和測試文件 (#3873)

  • 將 numpydoc 釘選到 pre-0.8 以修正開發文件格式 (#3893)

  • 將所有 HTTP 連結變更為 HTTPS (#3896)

  • 跳過 OSX 上的額外相依性 (#3898)

  • 為 Sphinx 2.0.1 搜尋結果新增位置；清理範本 (#3899)

  • 修正 Sphinx 2.0.1 + numpydoc 0.9 轉譯文件的 CSS 樣式 (#3900)

  • Travis CI：sudo: 標籤在 Travis 中已棄用 (#4164)

  • MNT 準備 0.16 發行版 (#4204)

  • FIX 當 contributor_set 包含 None 時產生發行說明 (#4205)

  • 指定 travis 應使用 Ubuntu xenial (14.04)，而非 trusty (16.04) (#4082)

  • MNT：在 lab2xyz 中適當地設定堆疊層級 (#4067)

  • MNT：修正濾波器脊的堆疊層級 (#4068)

  • MNT：從 filters.thresholding 中移除未使用的匯入 deprecated (#4069)

  • MNT：在 io matplotlib 外掛程式中正確設定堆疊層級 (#4070)

  • MNT：在 felzenszwalb_cython 中適當地設定堆疊層級 (#4071)

  • MNT：在 img_as_* (convert) 中適當地設定堆疊層級 (#4072)

  • MNT：在 util.shape 中適當地設定堆疊層級 (#4073)

  • MNT：移除額外的 matplotlib 警告 (#4074)

  • 在檢視器的測試中抑制警告 (#4017)

  • 在關於 measure.label 的測試套件中抑制警告 (#4018)

  • 由於類型轉換，在 test_rank 中抑制警告 (#4019)

  • 為 imread 外掛程式測試新增待辦事項 (#3907)

  • 在使用 sphinx 圖庫時移除 matplotlib agg 警告。 (#3897)

  • 前向移植 0.14.4 的發行說明 (#4137)

  • 為 threshold_li 中的病態陣列新增測試 (#4143)

  • setup.py: 當未安裝 NumPy 時，優雅地失敗 (#4181)

  • 移除 Python 3.5 支援 (#4102)

  • 強制 imageio 讀取器回傳 NumPy 陣列 (#3837)

  • 修正使用 SSH 資訊連線至 GitHub 的問題 (#3875)

  • 針對 skimage.measure.regionprops 的錯誤訊息進行小修正 (#3884)

  • 統一骨架化 (skeletonize) 和 3D 骨架化 API (#3904)

  • 新增 Sphinx 2.0.1 搜尋結果的位置；清理樣板 (#3910)

  • 向前固定 numpy 版本 (#3925)

  • 以 Astropy 取代 pyfits 來讀取 FITS (#3930)

  • 為未來移除 dtype kwarg 新增警告 (#3932)

  • MAINT: 清理 regionprop 並在 travis 陣列中新增 PYTHONOPTIMIZE=2 (#3934)

  • 為 filters.threshold_multiotsu 新增複雜度和新測試 (#3935)

  • 修正在某些圖像外掛程式中的 dtype kwarg 警告 (#3948)

  • 不要在使用 numpy logspace 作為整數之前將整數轉換為浮點數 (#3949)

  • 避免在 doctest 中儲存低對比圖像 (#3953)

  • MAINT: 從 filters._gaussian 中移除未使用的 _convert_input (#4001)

  • 設定 imread 的最低版本，使其可以在測試建置中從 Linux 上的原始碼編譯 (#3960)

  • 清理 data.load 和 testsuite 中的外掛程式使用 (#3961)

  • 選擇與 pathlib 相容的最低 imageio 版本 (#3969)

  • 從測試相依性中移除 pytest-faulthandler (#3987)

  • 修復我們 CI 中 tifffile 和 __array_function__ 的失敗 (#3992)

  • MAINT: 不要使用 assert 在程式碼中，改為引發例外 (#4006)

  • 讓封裝人員可以停用警告的失敗 (#4021)

  • 修復 numpy 117 rc 和 thresholding filters 中的 dask (#4022)

  • 當屬性不依賴於 r,c 時，關閉 r,c 警告 (#4027)

  • 移除警告過濾器，修正關於 r,c 的文件 (#4028)

  • 從 collections.abc 匯入 Iterable (#4033)

  • 從 vendored tifffile 程式碼中的 collections.abc 匯入 Iterable (#4034)

  • 修正 #4025 之後的錯字 (#4036)

  • 將內部函數名稱從 assert_* 重新命名為 check_* (#4037)

  • 改善匯入時間 (#4039)

  • 移除 .meeseeksdev.yml (#4045)

  • 修復 grid() 中的 mpl 棄用 (#4049)

  • 修復 #4025 棄用後的圖庫 (#4050)

  • 修復 mpl 未來的棄用 normed -> density (#4053)

  • 在 hough_circle 範例中為圓形周長新增 shape= (#4047)

  • 重要：解決與 metrics 4025 相關的測試套件內部警告 (#4063)

  • 對內部警告函數使用 functools 而不是真實函數 (#4062)

  • 以執行緒安全的方式測試 rank 擷取警告 (#4064)

  • 使整個程式庫中 FFT 的使用更加一致 (#4084)

  • 修復區域屬性測試 (#4099)

  • 將過濾器中的單反引號改為雙反引號 (#4127)

  • 重構 radon 轉換模組 (#4136)

  • 修復基準測試套件中 rgb2gray 的損壞匯入 (#4176)

  • 修復帶有 SKIP 的文件建置問題 (#4182)

  • 移除幾個 __future__ 匯入 (#4198)

  • 將已棄用的 coordinates 引數恢復到 regionprops (#4144)

  • 重構/最佳化 threshold_multiotsu (#4167)

  • 移除 Python 2 特定的程式碼 (#4170)

  • view_as_windows 錯誤地假設需要一個連續的陣列 (#4171)

  • 處理 NamedTemporaryFile 失敗的情況 (#4172)

  • 修正 SKIP1 上不正確的解決日期 (#4183)

  • 0.16 之前的 API 更新 (#4187)

  • 修復轉換為 float32 dtype (#4193)

此版本的貢獻者#

  • Abhishek Arya

  • Alexandre de Siqueira

  • Alexis Mignon

  • Anthony Carapetis

  • Bastian Eichenberger

  • Bharat Raghunathan

  • Christian Clauss

  • Clement Ng

  • David Breuer

  • David Haberthür

  • Dominik Kutra

  • Dominik Straub

  • Egor Panfilov

  • Emmanuelle Gouillart

  • Etienne Landuré

  • François Boulogne

  • Genevieve Buckley

  • Gregory R. Lee

  • Hadrien Mary

  • Hamdi Sahloul

  • Holly Gibbs

  • 黃偉璋

  • i3v (i3v)

  • Jarrod Millman

  • Jirka Borovec

  • Johan Jeppsson

  • Johannes Schönberger

  • Jon Crall

  • Josh Warner

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Kaligule (Kaligule)

  • kczimm (kczimm)

  • Lars Grueter

  • Shachar Ben Harim

  • Luis F. de Figueiredo

  • Mark Harfouche

  • Mars Huang

  • Dave Mellert

  • Nelle Varoquaux

  • Ollin Boer Bohan

  • Patrick J Zager

  • Riadh Fezzani

  • Ryan Avery

  • Srinath Kailasa

  • Stefan van der Walt

  • Stuart Berg

  • Uwe Schmidt

此版本的審閱者#

  • Alexandre de Siqueira

  • Anthony Carapetis

  • Bastian Eichenberger

  • Clement Ng

  • David Breuer

  • Egor Panfilov

  • Emmanuelle Gouillart

  • Etienne Landuré

  • François Boulogne

  • Genevieve Buckley

  • Gregory R. Lee

  • Hadrien Mary

  • Hamdi Sahloul

  • Holly Gibbs

  • Jarrod Millman

  • Jirka Borovec

  • Johan Jeppsson

  • Johannes Schönberger

  • Jon Crall

  • Josh Warner

  • jrmarsha

  • Juan Nunez-Iglesias

  • kczimm

  • Lars Grueter

  • leGIT-bot

  • Mark Harfouche

  • Mars Huang

  • Dave Mellert

  • Paul Müller

  • Phil Starkey

  • Ralf Gommers

  • Riadh Fezzani

  • Ryan Avery

  • Sebastian Berg

  • Stefan van der Walt

  • Uwe Schmidt