scikit-image 0.19.3 (2022-06-12)#

我們很高興宣布發布 scikit-image v0.19.3！

scikit-image 是一個用於 SciPy 的影像處理工具箱，其中包含用於分割、幾何轉換、色彩空間操作、分析、濾波、形態學、特徵檢測等演算法。

如需更多資訊、範例和文件，請造訪我們的網站

https://scikit-image.dev.org.tw

已修正錯誤#

  • 還原 v0.19.0 中引入的針對 skimage.restoration.cycle_spin 的預設多通道行為的非預期變更（現在再次預設為單通道）

  • 修正在 hough_line_peaks 中最佳角度為 0 度的邊緣案例

  • 修正了涉及對數極座標轉換註冊的範例

  • 更新測試套件以與最新的 tifffile 版本相容。

  • warp/rotate：修復了當 cval 不在輸入範圍內時發生的剪裁錯誤

  • 修正多通道整數值影像的長條圖 bin 計算

一般維護#

  • 更新 skimage.future.manual_polygon_segmentation 以使用 Matplotlib 3.5。

  • 更新 skimage.io.imread 以避免在使用 imageio>=2.16.2 時出現警告。

  • 現在與 Pillow >= 9.1 相容（調色盤可能包含 <256 個條目）

  • 新增對 NumPy 1.23 的支援

包含的提取請求#

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6306（修正「使用極座標和對數極座標轉換進行註冊」中的錯誤）(#6312)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6271 (hough_line_peaks 修正最佳角度=0 的邊緣案例) (#6313)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6261 (忽略稀疏矩陣棄用警告) (#6316)

  • 回溯 PR 6328：修正手動分割中較新版本的 matplotlib 問題 (#6334)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6343 (避免 imageio 發出有關變更至 v3 API 的警告) (#6344)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6355 (從 test_tifffile_kwarg_passthrough 中移除棄用的 kwargs 用法) (#6357)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6352 (修正 cycle_spin 的 channel_axis 預設值) (#6358)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6348 (修正當 canny 中的 mask 為 None 時平滑影像的計算) (#6359)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6361 (記錄 io 函式中對 Path 物件的支援) (#6363)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6400 (新增對 NumPy 1.23 的支援) (#6403)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6335 (warp/rotate：修復當 cval 不在輸入範圍內時發生的剪裁錯誤) (#6411)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6413 (修正多通道整數值影像的長條圖 bin 計算) (#6414)

此版本新增了 10 位作者 [按名字或登入名稱的字母順序排列]#

  • Albert Y. Shih

  • Bartłomiej Śmietanka

  • Dave Mellert

  • Gregory Lee

  • Graham Inggs

  • Jarrod Millman

  • John Hagen

  • Mark Harfouche

  • Riadh Fezzani

  • Stefan van der Walt

此版本新增了 7 位審閱者 [按名字或登入名稱的字母順序排列]#

  • Alexandre de Siqueira

  • Gregory Lee

  • Jarrod Millman

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Lars Grüter

  • Mark Harfouche

  • Riadh Fezzani

scikit-image 0.19.2 (2021-02-17)#

我們很高興宣布發布 scikit-image v0.19.2！這主要是錯誤修復版本，儘管有一個與哺乳動物細胞核膜上的螢光檢測相關的新範例。

scikit-image 是一個用於 SciPy 的影像處理工具箱，其中包含用於分割、幾何轉換、色彩空間操作、分析、濾波、形態學、特徵檢測等演算法。

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包含的提取請求#

  • 修正回溯期間在 tests.yml 中發生的錯誤 (gh-6129)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6145 (修正在 pyramid_gaussian 和 pyramid_laplace 中的 channel_axis 處理) (gh-6155)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6130 (提高已棄用的 Azure Windows 環境) (gh-6131)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6148 (棄用 n_iter_max (應為 max_num_iter)) (gh-6156)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6152 (指定 mybinder.org 用於範例演示的 Python 版本) (gh-6157)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6139 (修正 phase_cross_correlation 錯字) (gh-6158)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6133 (更新檢視器模組的使用者警告訊息。) (gh-6159)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6169 (修正 match_histograms 輸出 dtype 的非預期變更) (gh-6172)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6184 (修正 SIFT 錯誤的八度音索引 + 錯字) (gh-6186)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6191 (修正 issue6190 - pyramids.py 中的不一致預設參數) (gh-6193)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6207 (當 ProjectiveTransform.estimate 失敗時，一律將參數設定為 nan) (gh-6210)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #5262 (新增關於測量核膜螢光的教科書式教學課程。) (gh-6213)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6087 (新增兩個用於即將推出的科學教學課程的資料集。) (gh-6215)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6214 (當存在 NaN 時，EuclideanTransform.estimate 應傳回 False) (gh-6221)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6219 (允許 output_shape 引數為 resize 和 resize_local_mean 的任何可迭代物件) (gh-6222)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6223 (更新測試說明中的檔案名稱。) (gh-6225)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6231 (從已棄用的 scipy.ndimage.filters 命名空間更新匯入/參考) (gh-6233)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6229 (移除 Appveyor 上的多餘測試) (gh-6234)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6183 (修正裝飾器警告堆疊層級) (gh-6238)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6239 (DOC：修正 SciPy intersphinx) (gh-6241)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6232 (透過 package_data 包含 Cython 來源) (gh-6244)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6227 (修正行進立方體中 Z 法線的計算) (gh-6245)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6242 (修正在 enforce_connectivity=True 和 start_label > 0 的情況下 SLIC 超像素中的錯誤) (gh-6246)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6211 (PiecewiseAffineTransform.estimate 傳回應反映基礎轉換) gh-6247

  • 更新 wheel 建置腳本中的 MacOS libomp 安裝 (gh-6249)

此版本新增了 9 位作者 [按名字或登入名稱的字母順序排列]#

  • Chris Roat

  • Fabian Schneider

  • Gregory Lee

  • Hande Gözükan

  • Larry Bradley

  • Marianne Corvellec

  • Mark Harfouche

  • Miles Lucas

  • Riadh Fezzani

此版本新增了 8 位審閱者 [按名字或登入名稱的字母順序排列]#

  • Alexandre de Siqueira

  • Gregory Lee

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Marianne Corvellec

  • Mark Harfouche

  • Riadh Fezzani

  • Robert Haase

  • Stefan van der Walt

scikit-image 0.19.1 (2021-12-03)#

我們很高興宣布發布 scikit-image v0.19.1！

這是一個小型錯誤修復版本，它解決了一些向後相容性問題以及 PyPI 上的 wheel 的一些問題。具體來說，PyPI 上 Apple M1 (arm64) 的 MacOs wheel 在 0.19.0 中已損壞，但現在應該已修復。arm64 wheel 僅適用於 MacOs >= 12。相較於 0.19.0，wheel 大小也大幅縮減，方法是剝除二進位檔案中的偵錯符號，並確保 Cython 產生的來源檔案不會綑綁在 wheel 中。

包含的提取請求#

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6089 (略過需要擷取資料的測試) (gh-6115)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6097 (在 skimage.data 中還原非底線函式) (gh-6099)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6095 (保留轉換函式中 channel_axis 參數的向後相容性) (gh-6100)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6103 (使排名篩選測試比較在架構之間具有穩健性) (gh-6106)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6105 (將特定的 random_state 傳遞到 test_ransac_geometric 中的 ransac) (gh-6107)

  • 修正 wheel 建置腳本中的兩個相等比較錯誤 (gh-6098)

  • 回溯 gh-6109 (新增連結器旗標以在 wheel 建置期間剝除偵錯符號) (gh-6110)

  • 在 v0.19.x 中釘選 setuptools 最大值，以避免在計劃的 distutils API 變更時中斷 (gh-6112)

  • 避免 rgb2gray 的潛在循環匯入 (gh-6113)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6089 (略過需要擷取資料的測試) (gh-6115)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6118 (修正 tests.yml 和預期警告的修正) (gh-6127)

  • 在 v0.19.x 分支上回溯 PR #6114 (放寬測試條件以使其對可變 CI 負載更具穩健性) (gh-6128)

此版本新增了 3 位作者 [按名字或登入名稱的字母順序排列]#

  • Gregory R. Lee

  • Joshua Newton

  • Mark Harfouche

此版本新增了 5 位審閱者 [按名字或登入名稱的字母順序排列]#

  • Gregory R. Lee

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Marianne Corvellec

  • Mark Harfouche

  • Stefan van der Walt

scikit-image 0.19.0 (2021-12-03)#

我們很高興宣布發布 scikit-image v0.19.0！

scikit-image 是一個用於 SciPy 的影像處理工具箱，其中包含用於分割、幾何轉換、色彩空間操作、分析、濾波、形態學、特徵檢測等演算法。

如需更多資訊、範例和文件，請造訪我們的網站

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此版本的一個重點是新增了廣受歡迎的尺度不變特徵轉換 (SIFT) 特徵偵測器和描述器。此版本還引入了感知模糊度量、新的像素圖演算法，並且大多數函式現在在提供單精度輸入時以單精度運作。以下詳細介紹了許多其他錯誤修正、增強功能和效能改進。

此版本中的一個重大變更是在多通道影像的處理方式。函式的現有 multichannel 引數已棄用，改為新的 channel_axis 引數。channel_axis 可用於指定陣列的哪個軸包含通道資訊（其中 channel_axis=None 表示灰階影像）。

scikit-image 現在使用「延遲載入」，這使用戶能夠從所有 skimage 子模組存取函式，而無需急切匯入所有子模組的額外負擔。舉例來說，在呼叫「import skimage」之後，使用者可以直接呼叫 skimage.transform.warp 等函式，而先前必須先「import skimage.transform」。

在開發方面，一個令人興奮的變更是引入了對 Pythran 的支援，作為 Cython 的替代方案來產生編譯程式碼。我們計劃未來繼續保持對 Cython 的支援，因此開發人員可以自由選擇適當的方案。對於那些對 Pythran 感興趣的人，SciPy 2021 的演講「使用 Pythran 建構 SciPy 核心」(https://www.youtube.com/watch?v=6a9D9WL6ZjQ)提供了一個很好的概述。

此版本現在支援 Python 3.7-3.10。Apple M1 架構 (arm64) 的支援是此版本的新增功能。為 Python 3.8-3.10 提供了 MacOS 12 的 wheel 檔案。

新功能#

  • 新增了支援處理通道位於任何陣列軸上的影像。這與先前版本要求通道必須是影像的最後一個軸不同。請參閱發行說明 API 部分中關於新的 channel_axis 參數的更多資訊。

  • 新增了無參考的感知模糊度量 (skimage.measure.blur_effect)。

  • 當 fast_mode=True 時，非局部均值 (skimage.restoration.denoise_nl_means) 現在支援 3D 多通道、4D 和 4D 多通道資料。

  • 新增了一個 n 維傅立葉域巴特沃斯濾波器 (skimage.filters.butterworth)。

  • 色彩轉換函數現在有一個新的 channel_axis 關鍵字參數，允許指定陣列的哪個軸對應於通道。為了向後相容，此參數預設為 channel_axis=-1，表示通道沿著最後一個軸。

  • 為 morphology.medial_axis 和 restoration.unsupervised_wiener 新增了一個僅限關鍵字的參數 random_state。

  • 由於底層產生器已更新為使用 numpy.random.Generator，因此設定亂數產生器的種子不會產生相同的結果。

  • 為 skimage.color.label2rgb 新增了 saturation 參數

  • 新增了正規化互資訊度量 skimage.metrics.normalized_mutual_information

  • threshold_local 現在支援 n 維輸入和非等向 block_size

  • 用於將標籤分配給點的新 skimage.util.label_points 函式。

  • 為幾個幾何變換類別新增了 nD 支援

  • 新增了 skimage.metrics.hausdorff_pair 來尋找由豪斯多夫距離分隔的點。

  • 為 skimage.color.lab2rgb、skimage.color.rgb2lab、skimage.color.xyz2lab、skimage.color.lab2xyz、skimage.color.xyz2luv 和 skimage.color.luv2xyz 新增了額外的色彩空間 illuminants 和 observers 參數選項。

  • skimage.filters.threshold_multiotsu 有一個新的 hist 關鍵字參數，允許與使用者提供的直方圖一起使用。(gh-5543)

  • skimage.restoration.denoise_bilateral 新增了對包含負值的影像的支援。(gh-5527)

  • skimage.feature 函式 blob_dog、blob_doh 和 blob_log 現在支援 threshold_rel 關鍵字參數，可用於指定相對閾值（範圍 [0, 1]），而不是絕對閾值。(gh-5517)

  • 實作延遲子模組匯入 (gh-5101)

  • 實作幾何變換矩陣的加權估計 (gh-5601)

  • 在 skimage.graph 中新增了新的像素圖演算法：pixel_graph 根據像素的相鄰性產生像素的圖（網路），而 central_pixel 尋找像素的測地中心。(gh-5602)

  • scikit-image 現在支援在貢獻程式碼中使用 Pythran。(gh-3226)

文件#

  • 新的文件教程，介紹了一個 3D 生醫影像範例，已新增到圖庫中 (gh-4946)。技術內容受益於與 Genevieve Buckley、Kevin Mader 和 Volker Hilsenstein 的對話。

  • 用於 3D 結構張量的新圖庫範例。

  • 顯示 3D 資料集的新圖庫範例。

  • 用 ECG 資料 (1D) 擴展了滾動球範例。

  • 修復了染色分離圖庫範例，現在顯示了染色的正確分離。

  • 已將關於如何提交圖庫範例的文件新增到貢獻說明中。

  • 自動格式化形態學中的文件字串。

  • 即使在 CLI 執行指令碼時，也顯示圖庫範例中的 plotly 圖形。

  • 在審閱過程中單獨列出僅限文件的 PR。

  • 使用 matplotlib 的無限 axline 來演示霍夫變換。

  • 釐清關於「形狀」的磁碟文件不一致之處。

  • 文件：修正簡單的錯字，conversions -> conversions。

  • 修復範例中的 linspace。

  • 對霍夫線變換程式碼和範例進行了小的修正。

  • 在幾個範例中，在顯示影像的範圍中新增了 1/2 像素邊界。

  • 在 github 上新增發佈步驟到 RELEASE.txt。

  • 移除 threshold_local 文件中對 opencv 的參考。

  • 更新 structure_tensor 文件字串以包含每個軸的 sigma。

  • 修復 _shared/utils.py 文件中的錯字。

  • 校對並交叉連結含有免疫組織化學影像的範例。

  • 拼寫修正：witch -> which。

  • 在 radon_transform 中提及可能的濾波器 -> 過濾後投影

  • 修復 watershed 文件中關於 dtype 的資訊。

  • 校對 Radon 轉換的圖庫範例。

  • 使用內部函式產生雜訊 + 釐清 Canny 範例中的程式碼。

  • 在濾波器中建立更全面的「另請參閱」章節。

  • 指定發行說明版本，而不是誤導性的 latest。

  • 移除 plot_thresholding.py 範例中誤導性的註解。

  • 修復 sphinx 佈局，使搜尋引擎能夠與最新的 sphinx 版本一起運作。

  • 在 RAG 範例中繪製節點 ID。

  • 更新 denoise_bilateral 中的 sigma_color 描述。

  • 更新 intersphinx 回退庫存 + 新增 matplotlib 回退庫存。

  • 修復 plot_local_equalize.py 中的 numpy 棄用。

  • 重新命名 plot_regionprops.py 中的 label 變數，以規避文件中的連結問題。

  • 避免 ImageViewer、CollectionViewer 的重複 API 文件。

  • 修復 gaussian 文件中的「blog_dog」錯字。

  • 更新 adjust_sigmoid 函式中的參考連結文件。

  • 修復 TrainableSegmenter 中對 multiscale_basic_features 的參考。

  • 輕微修改 shape_index 文件字串，以指定 2D 陣列。

  • 新增拼接圖庫範例 (gh-5365)

  • 新增 SKIP3 草稿：轉換到 scikit-image 1.0 (gh-5475)

  • 在貢獻指南中提及提交訊息。(gh-5504)

  • 修復並標準化 blob 偵測函式的文件字串。(gh-5547)

  • 更新使用者指南以反映使用 channel_axis 而不是 multichannel。(gh-5554)

  • 更新使用者指南以使用 channel_axis 而不是 multichannel (gh-5556)

  • 新增到參照文件位置的超連結。(gh-5560)

  • 更新分支指示以變更 pooch repo 的位置。(gh-5565)

  • 將「注意事項和參考資料」章節新增到 Cascade 類別的文件字串中。(gh-5568)

  • 釐清 skimage.feature.corner 文件字串中的 2D 與 nD (gh-5569)

  • 修復 plot_swirl.py 範例中的數學公式。(gh-5574)

  • 更新紋理特徵偵測器文件字串中的參考資料 (gh-5578)

  • 更新郵件清單位置到 discuss.scientific-python.org 論壇 (gh-5951)

  • DOC：修復 rescale_intensity() 中的文件字串 (gh-5964)

  • 修復 slic 文件 (gh-5975)

  • 更新擴張的文件字串，現在是 nD。(gh-5978)

  • 變更拼接圖庫範例縮圖 (gh-5985)

  • 將 circle 和 disk 新增到 glossary.md (gh-5590)

  • 更新像素圖範例 (gh-5991)

  • 在 glossary.md 中分隔具有相同描述的項目 (gh-5592)

  • 在指令名稱中不要使用冒號前的空格 (gh-6002)

改進#

  • 整個程式庫中，更多函式現在支援單精度 (float32)。

  • 雙調和修復 (skimage.restoration.inpaint_biharmonic) 已重構，速度比以前快幾個數量級。

  • 使用 skimage.util.random_noise 產生椒鹽雜訊的速度現在更快。

  • 如果使用者提供遮罩，SLIC 超像素演算法 (skimage.segmentation.slice) 的效能得到改善 (gh-4903)。遮罩 SLIC 產生的特定超像素將與先前版本產生的不同。

  • 由於 LUT，exposure.adjust_gamma 對於 uint8 影像已加速 (gh-4966)。

  • 對於布林輸入影像，透過使用 scipy.ndimage 在此情況下的實作，measure.label 已加速 (gh-4945)。

  • util.apply_parallel 現在可處理多通道資料 (gh-4927)。

  • skimage.feature.peak_local_max 現在支援任何 Minkowski 距離。

  • skimage.filters.correlate_sparse 的快速、非 Cython 實作。

  • 為了效率，直方圖現在會在 skimage.filters.try_all_threshold 中預先計算。

  • 當給定有限的 num_peaks 時，skimage.filters.find_local_max 速度更快。

  • skimage.filters.rank 模組中的所有濾波器現在都會釋放 GIL，啟用多執行緒使用。

  • skimage.restoration.denoise_tv_bregman 和 skimage.restoration.denoise_bilateral 現在都會釋放 GIL，啟用多執行緒使用。

  • 已處理 skimage.color.label2rgb 的效能回歸問題。

  • 改善 CircleModel.estimate 中的數值精度。(gh-5190)

  • 將預設關鍵字引數值新增至 skimage.restoration.denoise_tv_bregman、skimage.measure.block_reduce 和 skimage.filters.threshold_local。(gh-5454)

  • 將 matplotlib 設為可選的相依性 (gh-5990)

  • 在 skimage.filters 中支援單精度 (gh-5354)

  • 在 label2rgb 中支援 nD 影像和標籤 (gh-5550)

  • Regionprops 表格效能重構 (gh-5576)

  • 新增 regionprops 基準測試指令碼 (gh-5579)

  • 從 greycomatrix 和 greycoprops 中移除 apply_along_axes 的使用 (gh-5580)

  • 為了效率重構 gabor_kernel (gh-5582)

  • 移除 skimage.filters 中對 channel_as_last_axis 修飾器的需求 (gh-5584)

  • 以 skimage.filters.gaussian 取代 scipy.ndimage.gaussian_filter 的使用 (gh-5872)

  • 將 channel_axis 引數新增至 quickshift (gh-5987)

  • 新增 MacOS arm64 wheels (gh-6068)

API 變更#

  • 已棄用 multichannel 布林引數。所有支援多通道的函式現在都會使用整數 channel_axis 來指定哪個軸對應到通道。將 channel_axis 設定為 None 用於表示影像是灰階。具體而言，現有具有 multichannel=True 的程式碼應更新為使用 channel_axis=-1，而具有 multichannel=False 的程式碼現在應指定 channel_axis=None。

  • 當輸入具有 float32 dtype 時，大多數函式現在會傳回 float32 影像。

  • 已將預設值新增至 measure.find_contours，對應到影像的最小值和最大值之間的一半距離 (gh-4862)。

  • 引入 data.cat 作為 data.chelsea 的別名，以獲得更具描述性的名稱。

  • measure.find_contours 的 level 參數現在是關鍵字引數，預設值設定為 (max(image) - min(image)) / 2。

  • 將 p_norm 引數新增至 skimage.feature.peak_local_max，以新增對 Minkowski 距離的支援。

  • skimage.transforms.integral_image 現在預設會將浮點輸入升級為雙精度（為了準確性）。當需要時，可以使用新的 dtype 關鍵字引數來覆寫此行為。

  • 顏色轉換函式現在有一個新的 channel_axis 關鍵字引數（請參閱**新功能**章節）。

  • 對於尚未縮放到 [0, 1] 範圍的資料，SLIC 超像素分割輸出可能與先前版本不同。現在會自動將輸入重新縮放到 [0, 1]，以便 compactness 參數的效果與輸入影像的縮放無關。

  • 在 skimage.register.phase_cross_correlation 中應用的相位正規化中的錯誤修正，可能會導致與先前版本不同的結果。透過明確設定 normalization=None，仍然可以使用先前「未正規化」的交叉相關行為。遮罩交叉相關案例沒有變更，它使用不同的演算法。

錯誤修正#

  • 避免在 skimage.feature.peak_local_max 中重新編號輸入 labels 引數 (gh-5047)。

  • 修正套用反鋸齒時調整大小的裁剪錯誤 (gh-5202)

  • 當使用 mode='subpixel' 時，影像邊緣的非零值不再錯誤地標記為邊界 (gh-5447)。

  • 修正 _label2rgb_avg 函式的傳回 dtype。

  • 確保 skimage.color.separate_stains 不會傳回負值。

  • 防止 EllipseModel 中的整數溢位。

  • 修正 Hough 線轉換 skimage.transform.hough_line 中像素箱中的偏差一錯誤。

  • 正確處理 skimage.filters.gaussian 中的 1D 陣列。

  • 修正 skimage.segmentation.random_walker 中的拉普拉斯矩陣大小錯誤。

  • Regionprops 表格 ( skimage.measure.regionprops_table) dtype 錯誤修正。

  • 修正使用較小縮放比例時的 skimage.transform.rescale。

  • 修正 skimage.measure.label 分段錯誤。

  • 分水嶺 (skimage.segmentation.watershed)：計算標記時請考慮連通性。

  • 修正 order=0 時 skimage.transform.warp 的輸出 dtype。

  • 修正在 regionprops 中多通道 intensity_image extra_properties。

  • 修正當影像太小時，skimage.metric.structural_similarity 的錯誤訊息。

  • 不要在 skimage.segmentation.find_boundaries 的 'subpixel' 模式中標記影像邊緣。

  • 修正 skimage.exposure.is_low_contrast 對於布林輸入的行為。

  • 修正 skimage.metric.structural_similarity 中 ValueError 的字串引數的錯誤語法。

  • 修正 skimage.filters.threshold_otsu 中的 NaN 問題。

  • 修正 skimage.feature.blob_dog 文件字串範例和正規化。

  • 修正 skimage.exposure.adjust_gamma 中的 uint8 溢位。

  • 使用 pooch 1.5.0 來擷取資料 (gh-5529)。

  • skimage.graph.MCP 的 offsets 屬性現在是公開的。(gh-5547)

  • 修正 io.imread 使用 pathlib.Path 輸入的行為 (gh-5543)

  • 使從 Pooch 匯入的 scikit-image 與 pooch >= 1.5.0 相容。(gh-5529)

  • 修正多個損毀的 doctest，並在 GitHub Actions 上還原 doctesting。(gh-5505)

  • 修正 skimage.exposure.histogram 和 skimage.measure.regionprops_table 中損毀的 doctest。(gh-5522)

  • 在 SLIC 超像素分割期間一致地重新縮放影像。(gh-5518)

  • 修正 skimage.register.phase_cross_correlation 中的相位相關。(gh-5461)

  • 修正 skimage.graph.MCP 中隱藏的屬性 'offsets' (gh-5551)

  • 修正具有參考遮罩的 3D phase_cross_correlation (gh-5559)

  • 修正當找不到峰值時 blob_log 和 blob_dog 的傳回形狀 (gh-5567)

  • 修正尋找輪廓的索引鍵錯誤 (gh-5577)

  • 重構 measure.ransac 並在估計的模型無效時新增警告 (gh-5583)

  • 還原邊緣濾波器的整數影像重新縮放 (gh-5589)

  • trainable_segmentation：在錯誤情況下重新引發 (gh-5600)

  • 允許使用已棄用的屬性名稱呼叫 regionprops_table (gh-5908)

  • 修正在非局部均值快速模式中的權重計算 (gh-5923)

  • 修正 #5948：equalize_adapthist 中 kernel_size 的下限為 1 (gh-5949)

  • 在 imsave 中將 pathlib.Path 轉換為 str (gh-5971)

  • 修正 slic 間距 (gh-5974)

  • 新增少量正規化以避免 richardson_lucy 中出現除以零的情況 (gh-5976)

  • 修正基準測試套件（已移動分水嶺函式）(gh-5982)

  • 擷取 QhullError 並傳回空陣列 (convex_hull) (gh-6008)

  • 為所有新棄用的 regionprops 名稱新增屬性 getter (gh-6000)

  • 修正 3D 案例中橢圓軸長度的估計 (gh-6013)

  • 修正峰值局部最大值分段錯誤 (gh-6035)

  • 當 EAGER_IMPORT=1 時，避免迴圈匯入錯誤 (gh-6042)

  • 移除所有已棄用的 distutils 套件的使用 (gh-6044)

棄用#

完成先前版本中已棄用的項目#

  • 在 measure.label 中，已移除過時的 neighbors 參數（請改用 connectivity）。

  • 已移除過時的 skimage.color.rgb2grey 和 skimage.color.grey2rgb 函數（請改用 skimage.color.rgb2gray 和 skimage.color.gray2rgb）。

  • skimage.color.rgb2gray 不再允許灰階或 RGBA 輸入。

  • 已移除 skimage.color.gray2rgb 中過時的 alpha 參數。如需轉換為 RGBA，請改用 skimage.color.gray2rgba。

  • 嘗試使用 order > 0 扭曲布林影像現在會引發 ValueError。

  • 在扭曲或調整布林影像大小時，設定 anti-aliasing=True 將會引發 ValueError。

  • skimage.color.label2rgb 的 bg_label 參數現在為 0。

  • 已移除 skimage.transform.iradon 中過時的 filter 參數（請改用 filter_name）。

  • 已移除過時的 skimage.draw.circle 函數（請改用 skimage.draw.disk）。

  • 已移除過時的 skimage.feature.register_translation 函數（請改用 skimage.registration.phase_cross_correlation）。

  • 已移除過時的 skimage.feature.masked_register_translation 函數（請改用 skimage.registration.phase_cross_correlation）。

  • 已移除過時的 skimage.measure.marching_cubes_classic 函數（請改用 skimage.measure.marching_cubes）。

  • 已移除過時的 skimage.measure.marching_cubes_lewiner 函數（請改用 skimage.measure.marching_cubes）。

  • 已移除過時的 skimage.segmentation.circle_level_set 函數（請改用 skimage.segmentation.disk_level_set）。

  • 已移除 skimage.morphology.flood_fill 中過時的 inplace 參數。

  • 已移除過時的 skimage.util.pad 函數（請改用 numpy.pad）。（請改用 in_place）。

  • skimage.filters.hessian 中的預設 mode 現在為 'reflect'。

  • skimage.filters.sato 中的預設邊界 mode 現在為 'reflect'。

  • skimage.measure.profile_line 中的預設邊界 mode 現在為 'reflect'。

  • skimage.restoration.denoise_nl_means 中的 preserve_range 預設值現在為 False。

  • skimage.segmentation.slic 中的 start_label 預設值現在為 1。

新引入的棄用：#

  • 整個程式庫現在都已棄用 multichannel 引數，並將在 1.0 版中移除。應改用新的 channel_axis 引數。現有包含 multichannel=True 的程式碼應更新為使用 channel_axis=-1，而包含 multichannel=False 的程式碼現在應指定 channel_axis=None。

  • 已棄用 skimage.feature.greycomatrix 和 skimage.feature.greycoprops，建議改用 skimage.feature.graycomatrix 和 skimage.feature.graycoprops。

  • skimage.morphology.grey 模組已重新命名為 skimage.morphology.gray。舊名稱已棄用。

  • skimage.morphology.greyreconstruct 模組已重新命名為 skimage.morphology.grayreconstruct。舊名稱已棄用。

  • 請參閱 API 變更章節中，關於與迭代次數相關的已棄用引數名稱的函數。num_iterations 和 max_num_iter 現在於整個程式庫中使用。

  • 請參閱 API 變更章節，關於在整個程式庫中棄用 selem 引數，建議改用 footprint。

  • 棄用 in_place，建議在 skimage.morphology.remove_small_objects、skimage.morphology.remove_small_holes 和 skimage.segmentation.clear_border 中使用明確的 out 引數。

  • skimage.measure.label 的 input 引數已重新命名為 label_image。舊名稱已棄用。

  • 針對描述迭代次數的參數統一使用 num_iter，針對指定迭代限制的參數統一使用 max_num_iter。已棄用舊引數名稱的函數如下：

    skimage.filters.threshold_minimum
skimage.morphology.thin
skimage.restoration.denoise_tv_bregman
skimage.restoration.richardson_lucy
skimage.segmentation.active_contour
skimage.segmentation.chan_vese
skimage.segmentation.morphological_chan_vese
skimage.segmentation.morphological_geodesic_active_contour
skimage.segmentation.slic

  • skimage.measure.regionprops 中數個參數的名稱已更新，以便依名稱的第一個字詞更好地分組屬性。舊名稱將繼續適用於回溯相容性。已更新的特定名稱如下：

    ============================ ============================
Old Name                     New Name
============================ ============================
max_intensity                intensity_max
mean_intensity               intensity_mean
min_intensity                intensity_min

bbox_area                    area_bbox
convex_area                  area_convex
filled_area                  area_filled

convex_image                 image_convex
filled_image                 image_filled
intensity_image              image_intensity

local_centroid               centroid_local
weighted_centroid            centroid_weighted
weighted_local_centroid      centroid_weighted_local

major_axis_length            axis_major_length
minor_axis_length            axis_minor_length

weighted_moments             moments_weighted
weighted_moments_central     moments_weighted_central
weighted_moments_hu          moments_weighted_hu
weighted_moments_normalized  moments_weighted_normalized

equivalent_diameter          equivalent_diameter_area
============================ ============================

  • 整個程式庫已將 selem 引數重新命名為 footprint。selem 引數現在已棄用。

開發流程#

  • 已加入測試設定和拆解函數，允許透過 SKIMAGE_TEST_STRICT_WARNINGS_GLOBAL 環境變數，在任何未捕捉到的警告時引發錯誤。

  • 提高發佈流程的自動化程度。

  • 在來源之前發佈 wheel。

  • 更新最低支援的 Matplotlib、NumPy、SciPy 和 Pillow 版本。

  • 將 pillow 固定為 !=8.3.0。

  • 將所有地方的 master 重新命名為 main。

  • 確保 README.txt 具有後續匯入的寫入權限。

  • 以單一執行緒執行臉部分類圖庫範例。

  • 在 Azure 上啟用 pip 和 skimage.data 快取。

  • 修正 CircleCI 和 Azure CI 快取。

  • 處理 Cython 警告。

  • 在 Azure 上執行時，停用對 plotly.io.show 的呼叫。

  • 移除舊版 Travis-CI 指令碼，並據此更新參與者文件。

  • 提高 cibuildwheel 的詳細程度。

  • 在開發環境安裝期間更新 pip。

  • 將基準檢查加入 CI。

  • 解決 CI 中隨機排序篩選器測試失敗的問題。

  • 確保 README.txt 具有後續匯入的寫入權限。

  • 裝飾器可協助在關鍵字引數 multichannel 和 channel_axis 之間轉換。

  • 在 lch2lab 文件字串範例中加入遺失的匯入 (gh-5998)

  • 建議從 setuptools 匯入 build_py 和 sdist (gh-6007)

  • 重新導入 skimage.test 公用程式 (gh-5909)

其他更新#

  • 重構 np.random.x 以使用 np.random.Generator。

  • 避免出現關於使用已棄用的 scipy.linalg.pinv2 的警告。

  • 使用新的 SciPy 1.6 縮放選項簡化調整大小的實作。

  • 修正 test_unsharp_mask.py 中重複的測試函數名稱。

  • 基準測試：fix ResizeLocalMeanSuite.time_resize_local_mean 簽章。

  • 建議在測試中使用新樣式的 NumPy 隨機 API (gh-5450)

  • 在 test_simpleitk.py 中加入強制 SimpleITK I/O 的測試夾具 (gh-5526)

  • MNT：從 skimage 資料中移除未使用的 stat 匯入 (gh-5566)

  • MAINT：移除未使用的匯入 (gh-5595)

  • MAINT：重構重複的測試、移除不必要的指派和變數 (gh-5596)

  • 移除過時的延遲匯入 (gh-5992)

  • 將 data_dir 延遲載入至最上層命名空間 (gh-5996)

  • 將 scipy 需求更新為 1.4.1 並使用 scipy.fft 而非 scipy.fftpack (gh-5999)

  • 移除產生 Requires 中繼資料的行 (gh-6017)

  • 更新 wheel 建置以包含 Python 3.10 (gh-6021)

  • 更新 pyproject.toml 以處理 Python 3.10 和 Apple arm64 (gh-6022)

  • 在 GitHub Actions 和 Appveyor 上加入 python 3.10 測試執行 (gh-6027)

  • 將 sphinx 版本固定在 <4.3，直到新的 sphinx-gallery 版本發布為止 (gh-6029)

  • 放寬一些導致 i686 在 cibuildwheel 上測試失敗的相等性測試 (gh-6031)

  • 避免在「import skimage」期間產生 matplotlib 導入的額外負擔 (gh-6032)

  • 更新 sphinx gallery 版本固定 (gh-6034)

此版本的貢獻者#

此版本新增了 80 位作者 [依名字或登入名稱字母順序排列]#

  • Abhinavmishra8960 (Abhinavmishra8960)

  • abouysso

  • Alessia Marcolini

  • Alex Brooks

  • Alexandre de Siqueira

  • Andres Fernandez

  • Andrew Hurlbatt

  • andrewnags (andrewnags)

  • Antoine Bierret

  • BMaster123 (BMaster123)

  • Boaz Mohar

  • Bozhidar Karaargirov

  • Carlos Andrés Álvarez Restrepo

  • Christoph Gohlke

  • Christoph Sommer

  • Clement Ng

  • cmarasinou

  • Cris Luengo

  • David Manthey

  • Devanshu Shah

  • Dhiraj Kumar Sah

  • divyank agarwal

  • Egor Panfilov

  • Emmanuelle Gouillart

  • Erik Reed

  • erykoff (erykoff)

  • Fabian Schneider

  • Felipe Gutierrez-Barragan

  • François Boulogne

  • Fred Bunt

  • Fukai Yohsuke

  • Gregory R. Lee

  • Hari Prasad

  • Harish Venkataraman

  • Harshit Dixit

  • Ian Hunt-Isaak

  • Jaime Rodríguez-Guerra

  • Jan-Hendrik Müller

  • Janakarajan Natarajan

  • Jenny Vo

  • john lee

  • Jonathan Striebel

  • Joseph Fox-Rabinovitz

  • Juan Antonio Barragan Noguera

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Julien Jerphanion

  • Jurneo

  • klaussfreire (klaussfreire)

  • Larkinnjm1 (Larkinnjm1)

  • Lars Grüter

  • Mads Dyrmann

  • Marianne Corvellec

  • Marios Achilias

  • Mark Boer

  • Mark Harfouche

  • Matthias Bussonnier

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  • Max Frei

  • michalkrawczyk (michalkrawczyk)

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  • Raphael

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  • Robert Haase

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  • Volker Hilsenstein

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