scikit-image 0.23.2 (2024-04-20)#

我們很高興宣布 scikit-image 0.23.2 的發布！

錯誤修復#

  • 確保 skimage.util.img_as_ubyte 支援邊緣案例，其中所提供影像的 dtype('uint64').type 為 np.ulonglong 而不是 np.uint64 (#7392)。

文件#

  • 將日期新增至 0.23.1 發行說明 (#7384)。

  • 修正 skimage.segmentation.watershed 中 connectivity 參數的 docstring (#7360)。

基礎架構#

  • 忽略 Sphinx 關於無法 pickled 快取的警告 (#7400)。

  • 簡化 PR 範本中變更清單的指示 (#7401)。

維護#

  • 使用 numpy.inf 而不是已棄用的 numpy.infty (#7386)。

  • 更新 Ruff 組態 (#7387)。

  • 更新 Azure pipelines 組態的矩陣和名稱 (#7390)。

  • 使用 upload- 和 download-artifact v4 (#7389)。

  • 忽略來自測試中 astype 的架構特定轉換警告 (#7393)。

  • 更新 numpydoc example.py 的連結 (#7395)。

貢獻者#

此版本新增 4 位作者 (依字母順序)

此版本新增 4 位審閱者 (依字母順序)

_這些清單是自動產生的，可能不完整或可能包含重複項目。_

scikit-image 0.23.1 (2024-04-10)#

我們很高興宣布 scikit-image 0.23.1 的發布！

注意

由於 CI 系統的問題，scikit-image 0.23.0 從未發布。此版本與 0.23.0 的內容相同，除了 CI 修復和版本號碼。

重點#

  • 確保如果足跡不是鏡像對稱的，則 skimage.morphology.closing 和 skimage.morphology.opening 分別是廣泛的和反廣泛的 (#6695)。

  • 將參數 mode 和 cval 新增至 skimage.morphology 中的 erosion、dilation、opening、closing、white_tophat 和 black_tophat。這些新參數決定如何處理陣列邊界 (#6695)。

  • 將參數 mode 新增至 skimage.morphology 中的 binary_erosion、binary_dilation、binary_opening 和 binary_closing。這些新參數決定如何處理陣列邊界 (#6695)。

  • 使用 Cython 的 prange 進行並行化，加速 skimage.util.map_array (#7266)。

新功能#

  • 將新的 intensity_std 屬性新增至 skimage.measure.regionprops，該屬性會計算區域中強度的標準差 (#6712)。

  • 將參數 mode 和 cval 新增至 skimage.morphology 中的 erosion、dilation、opening、closing、white_tophat 和 black_tophat。這些新參數決定如何處理陣列邊界 (#6695)。

  • 將參數 mode 新增至 skimage.morphology 中的 binary_erosion、binary_dilation、binary_opening 和 binary_closing。這些新參數決定如何處理陣列邊界 (#6695)。

  • 將函式 mirror_footprint 和 pad_footprint 新增至 skimage.morphology (#6695)。

  • 將新參數 spacing 新增至 segmentation.expand_labels 以支援非等向性影像 (#7080)。

API 變更#

  • 停止支援 Python 3.9 (#7217)。

  • skimage.morphology.erosion 和 skimage.morphology.dilation 中的參數 shift_x 和 shift_y 已棄用。請改用 pad_footprint 或手動修改足跡 (#6695)。

  • 移除非二元輸入影像的 skimage.morphology.skeletonize_3d 中意外的值縮放。skeletonize_3d 現在總是像類似的函式一樣傳回二元陣列 (#7095)。

  • 棄用函式 skimage.feature.plot_matches，改用 skimage.feature.plot_matched_features (#7255)。

  • 棄用 skimage.morphology.skeletonize_3d，改用 skimage.morphology.skeletonize (#7094)。

  • 棄用 skimage.filters.gaussian 中的參數 output；請改用 out (#7225)。

  • 將 skimage.filters.rank 函式中參數 shift_x、shift_y 和 shift_z 的預設值從 False 變更為 0。這不會影響結果。從現在開始，如果提供布林值 shift，則發出警告 (#7320)。

效能#

  • 將延遲載入新增至 skimage.metrics 模組 (#7211)。

  • 使用 Cython 的 prange 進行並行化，加速 skimage.util.map_array (#7266)。

錯誤修復#

  • 在 skimage.feature.hog 中，如果影像對於給定的參數而言太小，則新增例外狀況以避免意外的結果 (#7153)。

  • 確保如果足跡不是鏡像對稱的，則 skimage.morphology.closing 和 skimage.morphology.opening 分別是廣泛的和反廣泛的 (#6695)。

  • 當無法確定即時 shift 時 (disambiguate=True)，避免在 skimage.registration.phase_cross_correlation 中出現 TypeError。改為顯示警告 (#7259)。

  • 修正 skimage.graph.pixel_graph 中的邏輯，當提供參數 edge_function 而沒有 mask 時，會引發 TypeError (#7310)。

  • 確保當將 cache=False 傳遞給 skimage.measure.regionprops 時，快取保持空白 (#7333)。

文件#

  • 更新開發環境的更新說明 ( #7160 )。

  • 使 RAG 圖庫範例中的標題更明確 ( #7202 )。

  • 為 skimage.graph 模組新增 docstring ( #7192 )。

  • 在 docstring 中使用一致的陣列維度表示法 ( #3031 )。

  • 在分水嶺 (watershed) 的 docstring 中指定預設標記 ( #7154 )。

  • 停止讓 HTML 文件攔截左右箭頭鍵，以改善鍵盤輔助功能 ( #7226 )。

  • 修正 nitpicky sphinx 的參考格式 ( #7228 )。

  • 在影像 NumPy 速成課程中，記錄如何處理其他類似陣列的資料，例如 xarray.DataArray 和 pandas.DataFrame ( #7159 )。

  • 修正使用者指南中損壞的函式呼叫和語法問題 ( #7234 )。

  • 在 skimage.transform.swirl 的 docstring 中使用正確的預設模式 ( #7241 )。

  • 在 moments_normalized 中新增遺失的間距參數文件 ( #7248 )。

  • 更新 hough_ellipse 轉換中的 docstring 和範例 ( #6893 )。

  • 將 binder 標籤/分支指向與文件/發佈對應的提交 (commit) ( #7252 )。

  • 為 FundamentalMatrixTransform 類別新增範例 ( #6863 )。

  • 在安裝說明中，新增 Matplotlib 選用相依性提供的功能的說明 ( #7286 )。

  • 在 skimage.registration.optical_flow_tvl1 的 docstring 中，使用正確的符號 θ 表示緊密度 (tightness) ( #7314 )。

  • 參數 cval 的描述修改為「int 或 float」。cval 是一個數值，而不是字串 ( #7319 )。

  • 移除關於記錄變更的過時指示 ( #7321 )。

  • 新增註解以釐清 dt 對應於 tau，即時間步長。在整個註冊模組中，將灰階 (gray scale) 改為灰度 (grayscale) ( #7324 )。

  • 建立 SECURITY.md ( #7230 )。

  • 從 skimage.segmentation.active_contour 的 docstring 範例中移除已棄用的參數 coordinates ( #7329 )。

  • 在發行說明標題中包含日期 ( #7269 )。

  • 更新關於如何記錄發行說明中包含的提取請求 (pull requests) 的描述 ( #7267 )。

  • 釐清 skimage.metrics.structural_similarity 中 data_range 參數的描述 ( #7345 )。

  • 在較長的圖庫範例和示範 (doc/examples/applications) 中使用物件導向的 Matplotlib 風格 ( #7346 )。

  • 在關於分割人類細胞（有絲分裂）的圖庫範例中，在為分水嶺產生盆地標記時包含邊界 ( #7362 )。

  • 在 skimage.transform.EuclideanTransform 的 docstring 中新增遺失的減號 ( #7097 )。

基礎架構#

  • 更新關於過時機器人的措辭，假設核心團隊失職 ( #7196 )。

  • 在 Python 3.9 停止支援後，更新 Azure 工作名稱 ( #7218 )。

  • 在不常見的時間排程夜間 wheel 建置 ( #7254 )。

  • 使用夜間 NumPy 2.0 建置夜間 wheels ( #7251 )。

  • 使用 pytest-doctestplus 而不是傳統的 pytest-doctest ( #7289 )。

  • 將 scientific-python/upload-nightly-action 更新至 v0.5.0，以確保相依性穩定性並利用 Anaconda Cloud 上傳錯誤修正 ( #7325 )。

  • 新增 assert_stacklevel 輔助工具，以檢查擷取警告的 stacklevel ( #7294 )。

  • 將 pre-commit[bot] 從變更列表的貢獻者清單中排除 ( #7358 )。

維護#

  • 移除 version_switcher.json 中過時且重複的「preferred」欄位 ( #7184 )。

  • 升級至 spin 0.7 ( #7168 )。

  • 不要比較類型，使用 isinstance ( #7186 )。

  • [pre-commit.ci] pre-commit 自動更新 ( #7181 )。

  • 提高 32 位元浮點數的矩測試容差 ( #7188 )。

  • 暫時將 Cython 固定為 <3.0.3，直到 CI 修復 ( #7189 )。

  • 移除過時的 meson 指示 ( #7193 )。

  • 暫時將 Cython 固定為 <3.0.3，直到 CI 修復，第二版 ( #7201 )。

  • 修正 chocolatey ( #7200 )。

  • 將 Pillow 固定為 <10.1.0，直到 imageio 的不相容性修復 ( #7208 )。

  • 使用 Black ( #7197 )。

  • 在前一次缺少 black 的合併後，將 black 應用於 _hog.py ( #7215 )。

  • 在 Cython 3.0.4 發佈後，取消固定 Cython ( #7214 )。

  • [pre-commit.ci] pre-commit 自動更新 ( #7236 )。

  • 為 Python 3.12 清理 ( #7173 )。

  • 將 Python 3.12 設定為預設的 CI Python ( #7244 )。

  • 新增明確的 noexcept，以處理 Cython 3.0 警告 ( #7250 )。

  • 更新 imageio 以修正 Pillow 的不相容性 ( #7245 )。

  • 將 docker/setup-qemu-action 升級至 v3 ( #7134 )。

  • 修正 SciPy 1.12.0rc1 中已棄用功能的 warningfilter ( #7275 )。

  • 根據 SPEC 0，更新至 numpy>=1.23 和 matplotlib>=3.6 ( #7284 )。

  • 新增新的 deprecate_parameter 輔助工具 ( #7256 )。

  • 更新 meson 和 Cython ( #7283 )。

  • 處理 skimage.registration.phase_cross_correlation 中空影像的浮點警告 ( #7287 )。

  • 更新 spin (0.8) ( #7285 )。

  • 完成排定在 0.23 版本中棄用的功能。移除現在未使用的 deprecate_kwarg 和 remove_arg；它們完全由 deprecate_parameter 取代 ( #7290 )。

  • 為了確保最佳安全性實務，請使用 scientific-python/upload-nightly-action GitHub Action 中的已知 commit sha，這些 sha 對應於已加上標籤的發行版本。這些可以透過 Dependabot 自動更新 ( #7306 )。

  • 更新 pre-commits 儲存庫 ( #7303 )。

  • 現在可以執行測試套件，而無需安裝 numpydoc ( #7307 )。

  • 處理 Pydata 主題的平行寫入警告 ( #7311 )。

  • 使用 NumPy 2.0 測試夜間 wheel 建置 ( #7288 )。

  • 明確指出 _optical_flow_utils 中的函式為私有 ( #7328 )。

  • 更新相依性 (spec 0) ( #7335 )。

  • 針對 NumPy 1 和 2 的相容性進行後續清理和修正 ( #7326 )。

  • 在 test_fits.py 中，將忽略的拆解 (teardown) 替換為自動使用夾具 (autouse fixture) ( #7340 )。

  • 處理 NumPy 2 中 np.solve 的新複製語義和廣播 ( #7341 )。

  • 忽略 Sphinx 圖庫的執行時間表 ( #7327 )。

  • 允許 pearson 測試有非常小的浮點數容差 ( #7356 )。

  • 將 numpydoc 更新至 1.7 版 ( #7355 )。

  • [pre-commit.ci] pre-commit 自動更新 ( #7365 )。

  • 簡化測試套件中的警告篩選器 ( #7349 )。

  • 針對 NumPy >=2.0.0rc1 建置 ( #7367 )。

  • 移除 ensure_python_version 函式 ( #7370 )。

  • 更新 GitHub Actions 為 setup-python@v5、cache@v4、upload-artifact@v4 和 download-artifact@v4 (#7368)。

  • 更新 lazyloader 至 v0.4 (#7373)。

貢獻者#

本次發布新增了 29 位作者 (依字母順序排列)

本次發布新增了 21 位審閱者 (依字母順序排列)

_這些清單是自動產生的，可能不完整或可能包含重複項目。_